Amager Hospitals administrative afdelinger er fusioneret med Hvidovre Hospitals tilsvarende administrative afdelinger 1. januar 2012. Der er etableret en ny administrativ organisation på tværs af de to hospitaler. Amager Hospital betjenes og understøttes af den nye administrative organisation, og samtidig er der som led i organiseringen oprettet et Amager sekretariat, der tager sig af de daglige kontakter til og fra Amager Hospital.
Den samlede administrative organisation på Amager og Hvidovre Hospitaler består af følgende fire afdelinger:
(fusionerer 1. marts 2012)
Region Hovedstaden har desuden etableret to nye virksomheder HR og Uddannelse samt IMT.HR og Uddannelses primære opgaver er at varetage flg. opgaveområder på tværs i regionen:
IMT's primære opgaver er at sikre sammenhængende, standardiseret it, medico og telefoni på tværs af regionens hospitaler.